Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- _ -

• _MAUVEALIGNER_H : mauveAligner.h

- a -

• aligned_coords_t : scoreProcrastAlignment.cpp
• ALTERNALOG_MIN_SIZE : bbAnalyze.cpp
• anal_row_t : bbAnalyze.cpp
• analyzeVariableSegments() : bbAnalyze.cpp
• applyBackbone() : progressiveMauve.cpp

- b -

• bbcol_t : stripSubsetLCBs.cpp, randomGeneSample.cpp, projectAndStrip.cpp, getOrthologList.cpp

- c -

• ccount : repeatoire.cpp
• checkLink() : repeatoire.cpp
• checkLinkAndComponent() : repeatoire.cpp
• chi_square_threshold : bbAnalyze.cpp
• classifyCoordinateRanges() : bbAnalyze.cpp
• classifyIntergenic() : bbAnalyze.cpp
• classifyMatch() : repeatoire.cpp
• classifySubset() : repeatoire.cpp
• classifySuperset() : repeatoire.cpp
• comp_filter : scoreProcrastAlignment.cpp
• compareAlignmentsAceD() : scoreProcrastAlignment.cpp
• computeAvgCoverage() : getOrthologList.cpp
• constructCoordList() : scoreProcrastAlignment.cpp
• containsNode() : uniquifyTrees.cpp, rootTrees.cpp, extractBCITrees.cpp, checkForLGT.cpp
• createMap() : bbBreakOnGenes.cpp, bbAnalyze.cpp
• createNeighborhoodGroupList() : repeatoire.cpp

- d -

• detectBackboneBreakOnGenes() : bbBreakOnGenes.cpp
• DISCARD_SEGMENT : bbAnalyze.cpp
• doAlignment() : progressiveMauve.cpp, mauveAligner.h, mauveAligner.cpp
• DONE : repeatoire.cpp

- e -

• ExtendMatch() : repeatoire.cpp
• extendRange() : repeatoire.cpp
• extractSubAlignment() : extractSubalignments.cpp

- f -

• FAILED : repeatoire.cpp
• featureIntersect() : bbAnalyze.cpp
• featureNearestNeighbors() : bbAnalyze.cpp
• findAndErase() : uniquifyTrees.cpp, extractBCITrees.cpp
• findVariableSegmentsWithFlankingBB() : bbAnalyze.cpp
• FIXME : repeatoire.cpp

- g -

• getAlphabetID() : toEvoHighwayFormat.cpp
• getBpList() : bbBreakOnGenes.cpp
• getCDScount() : bbAnalyze.cpp
• getChromosome() : toEvoHighwayFormat.cpp
• getDefaultSmlFileNames() : progressiveMauve.cpp
• getExtraSubsets() : repeatoire.cpp
• getFeatureHits() : bbAnalyze.cpp
• getLocalRecordHeights() : multiEVD.cpp, evd.cpp
• getPatternText() : progressiveMauve.cpp
• getRepresentativeTaxon() : uniquifyTrees.cpp, extractBCITrees.cpp
• getSubsets() : repeatoire.cpp
• getSuperset() : repeatoire.cpp

- i -

• identifyIntergenicRanges() : bbAnalyze.cpp
• inheritSuperset() : repeatoire.cpp
• INTERNAL_NODE : bbAnalyze.cpp
• INTERVAL_UNKNOWN : bbAnalyze.cpp

- l -

• labeled_bb_t : bbFilter.cpp
• linkSuperset() : repeatoire.cpp

- m -

• main() : xmfa2maf.cpp, uniquifyTrees.cpp, uniqueMerCount.cpp, unalign.cpp, transposeCoordinates.cpp, toRawSequence.cpp, toMultiFastA.cpp, toGrimmFormat.cpp, toGBKsequence.cpp, toEvoHighwayFormat.cpp, stripSubsetLCBs.cpp, stripGapColumns.cpp, sortContigs.cpp, scoreProcrastAlignment.cpp, scoreALU.cpp, scoreAlignment.cpp, rootTrees.cpp, repeatoire.cpp, randomGeneSample.cpp, projectAndStrip.cpp, progressiveMauve.cpp, pairCompare.cpp, multiToRawSequence.cpp, multiEVD.cpp, mfa2xmfa.cpp, mauveToXMFA.cpp, mauveAligner.cpp, makeMc4Matrix.cpp, makeBadgerMatrix.cpp, joinAlignmentFiles.cpp, getOrthologList.cpp, getAlignmentWindows.cpp, gappiness.cpp, extractSubalignments.cpp, extractBCITrees.cpp, extractBackbone2.cpp, extractBackbone.cpp, evd.cpp, createBackboneMFA.cpp, countInPlaceInversions.cpp, coordinateTranslate.cpp, checkForLGT.cpp, calculateCoverage.cpp, calculateBackboneCoverage2.cpp, calculateBackboneCoverage.cpp, bbFilter.cpp, bbBreakOnGenes.cpp, bbAnalyze.cpp, backbone_global_to_local.cpp, alignmentProjector.cpp, addUnalignedIntervals.cpp
• makeAllPairwiseGenomeHSSBreakOnGenes() : bbBreakOnGenes.cpp
• makeMultiFunCount() : bbAnalyze.cpp
• makeVariableSegmentsCoordinateList() : bbAnalyze.cpp
• MatchPositionEntry : repeatoire.cpp
• MatchPositionLookupTable : repeatoire.cpp
• MatchSortEntry : MatchRecord.h
• mfAnalyze() : bbAnalyze.cpp
• min_expected_threshold : bbAnalyze.cpp
• multifun_map_t : bbAnalyze.cpp
• multifun_names_t : bbAnalyze.cpp

- n -

• NeighborhoodGroup : repeatoire.cpp
• neighborhoodListLookup() : repeatoire.cpp
• NELEMS : mauveAligner.cpp, calculateCoverage.cpp, calculateBackboneCoverage.cpp
• nllbufs : repeatoire.cpp
• NOVEL : repeatoire.cpp

- o -

• OK : repeatoire.cpp
• operator<<() : MatchRecord.h

- p -

• print2d_matrix() : multiEVD.cpp
• print_usage() : uniqueMerCount.cpp, transposeCoordinates.cpp, progressiveMauve.cpp, mfa2xmfa.cpp, mauveAligner.h, mauveAligner.cpp, getAlignmentWindows.cpp, extractBackbone2.cpp, extractBackbone.cpp, calculateCoverage.cpp, calculateBackboneCoverage2.cpp, calculateBackboneCoverage.cpp
• print_warnings : repeatoire.cpp
• printFilteredBbSeqList() : bbAnalyze.cpp
• printGI() : getOrthologList.cpp
• printMatchSizes() : progressiveMauve.cpp
• processChainableMatches() : repeatoire.cpp
• processNovelSubsetMatches() : repeatoire.cpp
• processSupersetMatches() : repeatoire.cpp

- r -

• ReadAluFile() : scoreALU.cpp
• reduceRange() : repeatoire.cpp
• relabelTaxaToStartWithZero() : uniquifyTrees.cpp, extractBCITrees.cpp
• remapComponents() : repeatoire.cpp
• rerootTree() : uniquifyTrees.cpp, rootTrees.cpp, extractBCITrees.cpp
• rvalue : repeatoire.cpp

- s -

• score_by_length() : repeatoire.cpp
• score_by_sp() : repeatoire.cpp
• scorecmp() : repeatoire.cpp
• scoredropoff_matrix : repeatoire.cpp
• selectList() : repeatoire.cpp
• setTaxonNames() : checkForLGT.cpp
• SHORT_SEGMENT : bbAnalyze.cpp
• sortTaxa() : uniquifyTrees.cpp, extractBCITrees.cpp
• supersetLinkExtension() : repeatoire.cpp

- t -

• taxonNameLessThan() : uniquifyTrees.cpp, extractBCITrees.cpp
• terminateProgram() : progressiveMauve.cpp
• testChainableMatch() : repeatoire.cpp

- u -

• uint : uniquifyTrees.cpp, rootTrees.cpp, extractBCITrees.cpp, checkForLGT.cpp, AlignmentTree.cpp
• unlinkSuperset() : repeatoire.cpp
• unlinkSupersets() : repeatoire.cpp

- v -

• validate() : repeatoire.cpp

- w -

• writeXmfa() : repeatoire.cpp
• writeXML() : repeatoire.cpp

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