Mauve File List

Here is a list of all files with brief descriptions:
src/org/gel/air/util/GroupHelpers.java [code]
src/org/gel/air/util/IOUtils.java [code]
src/org/gel/air/util/MathUtils.java [code]
src/org/gel/air/util/StatusBox.java [code]
src/org/gel/mauve/BaseViewerModel.java [code]
src/org/gel/mauve/BrowserLauncher.java [code]
src/org/gel/mauve/Chromosome.java [code]
src/org/gel/mauve/ColorScheme.java [code]
src/org/gel/mauve/DbXrefFactory.java [code]
src/org/gel/mauve/DbXrefHandler.java [code]
src/org/gel/mauve/FilterCacheSpec.java [code]
src/org/gel/mauve/Genome.java [code]
src/org/gel/mauve/GenomeBuilder.java [code]
src/org/gel/mauve/HighlightListener.java [code]
src/org/gel/mauve/LCB.java [code]
src/org/gel/mauve/LcbIdComparator.java [code]
src/org/gel/mauve/LCBLeftComparator.java [code]
src/org/gel/mauve/LCBlist.java [code]
src/org/gel/mauve/LcbViewerModel.java [code]
src/org/gel/mauve/Match.java [code]
src/org/gel/mauve/MatchStartComparator.java [code]
src/org/gel/mauve/MauveConstants.java [code]
src/org/gel/mauve/MauveFormatException.java [code]
src/org/gel/mauve/MauveHelperFunctions.java [code]
src/org/gel/mauve/ModelBuilder.java [code]
src/org/gel/mauve/ModelEvent.java [code]
src/org/gel/mauve/ModelListener.java [code]
src/org/gel/mauve/ModelProgressListener.java [code]
src/org/gel/mauve/MyConsole.java [code]
src/org/gel/mauve/OptionsBuilder.java [code]
src/org/gel/mauve/PreferencesDump.java [code]
src/org/gel/mauve/SeqFeatureData.java [code]
src/org/gel/mauve/SimilarityIndex.java [code]
src/org/gel/mauve/SupportedFormat.java [code]
src/org/gel/mauve/ViewerMode.java [code]
src/org/gel/mauve/XMFAAlignment.java [code]
src/org/gel/mauve/XmfaViewerModel.java [code]
src/org/gel/mauve/analysis/BrokenCDS.java [code]
src/org/gel/mauve/analysis/CDSErrorExporter.java [code]
src/org/gel/mauve/analysis/Gap.java [code]
src/org/gel/mauve/analysis/LiteWeightFeature.java [code]
src/org/gel/mauve/analysis/OneToOneOrthologExporter.java [code]
src/org/gel/mauve/analysis/PermutationExporter.java [code]
src/org/gel/mauve/analysis/Segment.java [code]
src/org/gel/mauve/analysis/SegmentComparator.java [code]
src/org/gel/mauve/analysis/SNP.java [code]
src/org/gel/mauve/analysis/SnpExporter.java [code]
src/org/gel/mauve/analysis/TreeAnalysis.java [code]
src/org/gel/mauve/assembly/AssemblyScorer.java [code]
src/org/gel/mauve/assembly/ScoreAssembly.java [code]
src/org/gel/mauve/backbone/Backbone.java [code]
src/org/gel/mauve/backbone/BackboneList.java [code]
src/org/gel/mauve/backbone/BackboneListBuilder.java [code]
src/org/gel/mauve/chado/ChadoDB.java [code]
src/org/gel/mauve/chado/ChadoFeatureLoader.java [code]
src/org/gel/mauve/chado/ChadoReader.java [code]
src/org/gel/mauve/chado/ChadoWriter.java [code]
src/org/gel/mauve/chado/DBUtils.java [code]
src/org/gel/mauve/color/BackboneLcbColor.java [code]
src/org/gel/mauve/color/BackboneMultiplicityColor.java [code]
src/org/gel/mauve/color/ColorMenu.java [code]
src/org/gel/mauve/color/LCBColorScheme.java [code]
src/org/gel/mauve/color/MultiplicityColorScheme.java [code]
src/org/gel/mauve/color/MultiplicityTypeColorScheme.java [code]
src/org/gel/mauve/color/NormalizedMultiplicityTypeColorScheme.java [code]
src/org/gel/mauve/color/NormalizedOffsetColorScheme.java [code]
src/org/gel/mauve/color/OffsetColorScheme.java [code]
src/org/gel/mauve/contigs/ChangedFastaFormat.java [code]
src/org/gel/mauve/contigs/ChangedFeatureWriter.java [code]
src/org/gel/mauve/contigs/ContigFeatureWriter.java [code]
src/org/gel/mauve/contigs/ContigGrouper.java [code]
src/org/gel/mauve/contigs/ContigHandler.java [code]
src/org/gel/mauve/contigs/ContigInverter.java [code]
src/org/gel/mauve/contigs/ContigMauveAlignFrame.java [code]
src/org/gel/mauve/contigs/ContigOrderer.java [code]
src/org/gel/mauve/contigs/ContigRenamer.java [code]
src/org/gel/mauve/contigs/ContigReorderer.java [code]
src/org/gel/mauve/contigs/DefaultContigHandler.java [code]
src/org/gel/mauve/contigs/FastAContigChangeWriter.java [code]
src/org/gel/mauve/contigs/FeatureFixer.java [code]
src/org/gel/mauve/contigs/ListSequenceIterator.java [code]
src/org/gel/mauve/dcj/DCJ.java [code]
src/org/gel/mauve/dcj/DCJWindow.java [code]
src/org/gel/mauve/dcjx/Adjacency.java [code]
src/org/gel/mauve/dcjx/AdjacencyGraph.java [code]
src/org/gel/mauve/dcjx/Block.java [code]
src/org/gel/mauve/dcjx/BlockEnd.java [code]
src/org/gel/mauve/dcjx/Constants.java [code]
src/org/gel/mauve/dcjx/Contig.java [code]
src/org/gel/mauve/dcjx/DCJ.java [code]
src/org/gel/mauve/dcjx/DCJDistance.java [code]
src/org/gel/mauve/dcjx/FastAccessTable.java [code]
src/org/gel/mauve/dcjx/Head.java [code]
src/org/gel/mauve/dcjx/Permutation.java [code]
src/org/gel/mauve/dcjx/Tail.java [code]
src/org/gel/mauve/dcjx/VestigialDCJ.java [code]
src/org/gel/mauve/format/BaseFormat.java [code]
src/org/gel/mauve/format/DelegatingSequence.java [code]
src/org/gel/mauve/format/EmblFormat.java [code]
src/org/gel/mauve/format/FastaFormat.java [code]
src/org/gel/mauve/format/FileFinder.java [code]
src/org/gel/mauve/format/GenbankEmblFormat.java [code]
src/org/gel/mauve/format/GenbankFileFormat.java [code]
src/org/gel/mauve/format/INSDseqFormat.java [code]
src/org/gel/mauve/format/RawFastaBridgeFilterReader.java [code]
src/org/gel/mauve/format/RawFormat.java [code]
src/org/gel/mauve/format/RichDelegatingSequence.java [code]
src/org/gel/mauve/format/RichStrandedFeatureTemplate.java [code]
src/org/gel/mauve/format/SequenceIteratorCache.java [code]
src/org/gel/mauve/format/SupportedFormatFactory.java [code]
src/org/gel/mauve/format/TestMain.java [code]
src/org/gel/mauve/gaggle/SampleGoose.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/AlignFrame.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/AlignmentProcessListener.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/AlignWorker.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/AnalysisDisplayWindow.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/ConsoleDialog.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/ExportFrame.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/ExportMenu.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/FillLayout.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/FrameLoader.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/GenomeCellRenderer.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/HintMessageEvent.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/HintMessageListener.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/LcbLinePanel.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/LCBStatusBar.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/Mauve.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/MauveAlignFrame.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/MauveFrame.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/MauveRenderingHints.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/MySymbolSequenceRenderer.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/PrintPreviewCanvas.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/PrintPreviewDialog.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/PrintUtilities.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/ProgressiveMauveAlignFrame.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/QualifierPanel.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/RearrangementPanel.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/SequenceNavigator.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/SplashScreen.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/StyleMenu.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/SwingWorker.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/dnd/DnDList.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/dnd/FileDrop.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/dnd/TransferableObject.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/navigation/AnnotationContainsFilter.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/navigation/NavigationPanel.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/navigation/SearchResultPanel.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/sequence/AbstractSequencePanel.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/sequence/ControlPanel.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/sequence/FeatureFilterer.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/sequence/FeaturePanel.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/sequence/FlatFileFeatureConstants.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/sequence/FlatFileFeatureImporter.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/sequence/HighlightPanel.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/sequence/HistogramPanel.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/sequence/MatchPanel.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/sequence/MatchPopupMenu.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/sequence/MultiGenomeRectangularBeadRenderer.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/sequence/RangeHighlightPanel.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/sequence/RRSequencePanel.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/sequence/RulerPanel.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/sequence/SeqPanel.java [code]
src/org/gel/mauve/gui/sequence/ZiggyRectangularBeadRenderer.java [code]
src/org/gel/mauve/histogram/HistogramBuilder.java [code]
src/org/gel/mauve/histogram/ZoomHistogram.java [code]
src/org/gel/mauve/module/MauveModule.java [code]
src/org/gel/mauve/module/MauveModuleFrame.java [code]
src/org/gel/mauve/module/ModuleListener.java [code]
src/org/gel/mauve/recombination/WeakArgDataModel.java [code]
src/org/gel/mauve/recombination/WeakArgModelBuilder.java [code]
src/org/gel/mauve/remote/MauveDisplayCommunicator.java [code]
src/org/gel/mauve/remote/MauveInterface.java [code]
src/org/gel/mauve/remote/MauveInterfaceImpl.java [code]
src/org/gel/mauve/remote/RemoteApplet.java [code]
src/org/gel/mauve/remote/RemoteControl.java [code]
src/org/gel/mauve/remote/RemoteControlImpl.java [code]
src/org/gel/mauve/remote/WargDisplayCommunicator.java [code]
src/org/gel/mauve/remote/WargInterface.java [code]
src/org/gel/mauve/summary/AnalysisModuleFrame.java [code]
src/org/gel/mauve/summary/MauveInterfacer.java [code]
src/org/gel/mauve/summary/ProcessBackboneFile.java [code]
src/org/gel/mauve/summary/output/AbstractIslandWriter.java [code]
src/org/gel/mauve/summary/output/AbstractMatchDataWriter.java [code]
src/org/gel/mauve/summary/output/AbstractTabbedDataWriter.java [code]
src/org/gel/mauve/summary/output/AlignedSequenceWriter.java [code]
src/org/gel/mauve/summary/output/BackboneCompareFile.java [code]
src/org/gel/mauve/summary/output/IslandCoordinateWriter.java [code]
src/org/gel/mauve/summary/output/IslandFeatureWriter.java [code]
src/org/gel/mauve/summary/output/IslandGeneFeatureWriter.java [code]
src/org/gel/mauve/summary/output/OverviewFileWriter.java [code]
src/org/gel/mauve/summary/output/PartialFastaWriter.java [code]
src/org/gel/mauve/summary/output/SegmentDataProcessor.java [code]
src/org/gel/mauve/summary/output/TroubleMatchWriter.java [code]
src/org/gel/mauve/tree/FileKey.java [code]
src/org/gel/mauve/tree/GapKey.java [code]
src/org/gel/mauve/tree/GISTree.java [code]
src/org/gel/mauve/tree/IntervalSequenceTree.java [code]
src/org/gel/mauve/tree/IstIterator.java [code]
src/org/gel/mauve/tree/IstNode.java [code]
src/org/gel/mauve/tree/Key.java [code]
src/org/gel/mauve/tree/TreeStore.java [code]

Generated on Mon Aug 19 06:03:40 2013 for Mauve by doxygen 1.3.6