Here is a list of all namespace members with links to the namespace documentation for each member:

- _ -

• _sort_tracker_type : mems

- a -

• A_READ : mems
• A_WRITE : mems
• AaronsLCB() : mems
• AbstractMatchSeqManipulator : mems
• aClose() : mems
• AddGapMatches() : mems
• addGuy() : mems
• AddTo64() : mems
• AddToMatchIdentityMatrix() : mems
• addUnalignedIntervals() : mems
• addUnalignedIntervals_v2() : mems
• addUnalignedRegions() : mems
• aFILE : mems
• aFileBusy() : mems
• aFlush() : mems
• aIORec : mems
• alignedNtCountFilter() : mems
• AlignLCBInParallel() : mems
• AllocateFree() : mems
• aOpen() : mems
• aOperationComplete() : mems
• applyAncestralBreakpoints() : mems
• applyBreakpoints() : mems
• aRead() : mems
• aStatFileSize() : mems
• aStatSize() : mems
• aUpdateOperations() : mems
• aWaitComplete() : mems
• aWaitNotBusy() : mems
• aWrite() : mems

- b -

• backbone_list_t : mems
• BackboneIdentityMatrix() : mems
• bb_entry_t : mems
• bb_seqentry_t : mems
• BIN_NOT_OPENED : mems
• bin_t : mems
• BinningPhase() : mems
• bitset_t : mems
• bmer_compare() : mems
• bmer_id_lessthan() : mems
• bmer_lessthan() : mems
• buffer_list_t : mems
• buffer_t : mems

- c -

• cache_comparator : mems
• cachecomp() : mems
• CalculateDataReadSize() : mems
• CalculateHistogram : mems
• CalculateSortWriteSize() : mems
• charmap : mems
• checkCollinearity() : mems
• checkConsistent() : mems
• checkForAllGapColumns() : mems
• chooseNextAlignmentPair() : mems
• collapseCollinear() : mems
• colmap : mems
• comp_keys() : mems
• CompareKeys() : mems
• CompareKeys_qsort_wrapper() : mems
• ComplementHss() : mems
• ComputeAsciiBinNumber() : mems
• ComputeBinNumber() : mems
• computeConsensusScore() : mems
• computeGapScores() : mems
• computeGC() : mems
• computeID() : mems
• computeLCBAdjacencies_v2() : mems
• computeLCBAdjacencies_v3() : mems
• ComputeLCBs() : mems
• ComputeLCBs_v2() : mems
• computeMatchScores() : mems
• ComputeNNNNNBinNumber() : mems
• computeSPScore() : mems
• containsNode() : mems
• CopyData : mems
• CopyPointers : mems
• countGaps() : mems
• countUnrefined() : mems
• CREATE_EXCEPTION() : mems
• createAlignmentTreeRoot() : mems
• createBackboneList() : mems
• CreateBasicDNATable() : mems
• CreateGapSearchList() : mems
• createMap() : mems

- d -

• dbg_count : mems
• debug_aligner : mems
• debug_cga : mems
• debug_interval : mems
• debug_me : mems
• debug_muscle : mems
• debug_shite : mems
• debugging_cltm : mems
• DEFAULT_ENUMERATION_TOLERANCE : mems
• default_gap_extend : mems
• default_gap_open : mems
• DEFAULT_ISLAND_SCORE_THRESHOLD : mems
• DEFAULT_MEM_TABLE_SIZE : mems
• default_min_r_gap_size : mems
• DEFAULT_REPEAT_TOLERANCE : mems
• DenseAbstractMatch128 : mems
• DenseAbstractMatch16 : mems
• DenseAbstractMatch2 : mems
• DenseAbstractMatch32 : mems
• DenseAbstractMatch4 : mems
• DenseAbstractMatch64 : mems
• DenseAbstractMatch8 : mems
• detectAndApplyBackbone() : mems
• DEV_BUSY : mems
• DEV_FREE : mems
• device_t : mems
• DisplayStatus() : mems
• DisplayStatusHeader() : mems
• DistanceMatrix() : mems
• dm_errors : mems
• dmSML() : mems
• dmsort() : mems
• dmtimer_t : mems
• DNA_TABLE : mems
• DoBinning() : mems
• DoReading() : mems

- e -

• EliminateOverlaps() : mems
• EliminateOverlaps_v2() : mems
• EnsureAllOperationsComplete() : mems
• extendRootBranches() : mems

- f -

• failure_count : mems
• filterMatches() : mems
• filterMatches_v2() : mems
• findAndErase() : mems
• FindBoundaries() : mems
• findHssExcursions() : mems
• findHssHomologyHMM() : mems
• findHssRandomWalk() : mems
• findHssRandomWalk_v2() : mems
• findHssRandomWalkCga() : mems
• findHssRandomWalkScoreVector() : mems
• findIslandsBetweenLCBs() : mems
• findIslandsRandomWalk() : mems
• findIslandsRandomWalkCga() : mems
• findMidpoint() : mems
• findMscFromExcursions() : mems
• findRightEndpoint() : mems
• FinishBinning() : mems
• Fmt() : mems

- g -

• get_aln_score() : mems
• GetAlignment() : mems
• getBpList() : mems
• getCharmap() : mems
• getDefaultBpDistEstimateMinScore() : mems
• getDefaultBreakpointMax() : mems
• getDefaultBreakpointPenalty() : mems
• getDefaultScoringScheme() : mems
• getGapBounds() : mems
• getInterveningCoordinates() : mems
• GetLCBCoverage() : mems
• getNeighbor() : mems
• GetPairwiseAnchorScore() : mems
• getPairwiseLCBs() : mems
• greedyBreakpointElimination() : mems
• greedyBreakpointElimination_v4() : mems
• greedySearch() : mems

- h -

• HandleBinWriteCompletions() : mems
• HandleReadingCompletions() : mems
• HandleSeqbufWriteCompletions() : mems
• hoxd_matrix : mems
• hss_array_t : mems
• hss_list_t : mems
• HssArrayToCga() : mems
• hssColsToIslandCols() : mems
• HssColsToIslandCols() : mems

- i -

• IdentifyBreakpoints() : mems
• IdentityMatrix() : mems
• idmer_greaterthan() : mems
• idmer_id_lessthan() : mems
• idmer_lessthan() : mems
• idmer_position_lessthan() : mems
• IdmerList : mems
• INDEX_INTERVAL : mems
• InitdmSML() : mems
• InitList() : mems
• InitRadixSort() : mems
• InitSML() : mems
• InitTime() : mems
• initTrackingMatchLCBTracking() : mems
• INPUT_NOT_OPENED : mems
• insert() : mems
• Interval : mems
• IntervalList : mems
• INV_SCORE : mems
• INVALID_NUMRECS : mems
• INVALID_SCORE : mems
• INVALID_WS_SIZE : mems
• iodevice_t : mems
• IsDenseEnough() : mems
• IslandCols : mems
• iv_tracker_t : mems

- l -

• lcb_hangover : mems
• LCB_UNASSIGNED : mems
• LEFT_NEIGHBOR : mems
• LoadAndCreateRawSequences() : mems
• LoadMFASequences() : mems
• LoadSequences() : mems

- m -

• m_allocateAndCopy() : mems
• m_free() : mems
• makeAlignmentTree() : mems
• makeAllPairwiseGenomeHSS() : mems
• MakeWorkingSet() : mems
• markAligned() : mems
• markAsRefined() : mems
• mask_length : mems
• mask_t : mems
• mask_weight : mems
• maskNNNNN() : mems
• Match : mems
• MatchID_t : mems
• MatchIdentityMatrix() : mems
• MatchList : mems
• max_density : mems
• max_gap_length : mems
• max_window_size : mems
• MEGA_ALIGN_COLUMNS : mems
• mergePairwiseHomologyPredictions() : mems
• mergeUnalignedIntervals() : mems
• MIN_ANCHOR_LENGTH : mems
• min_density : mems
• min_window_size : mems
• msaFromSeqTable() : mems
• multFilter() : mems
• my_validateLCB() : mems

- n -

• neighbor_t : mems
• NO_ADJACENCY : mems
• NO_FREE_BUFFERS : mems
• NO_MATCH : mems
• NumBins : mems

- o -

• offset_t : mems
• OP_FINISHED : mems
• OP_NONE : mems
• OP_PENDING : mems
• operator<<() : mems
• operator>>() : mems
• OUTPUT_NOT_OPENED : mems
• outputBackbone() : mems

- p -

• pairwise_genome_hss_t : mems
• PairwiseLCBMatrix : mems
• parseCommand() : mems
• penalize_repeats : mems
• pipeExec() : mems
• POOL_GROWTH_RATE : mems
• PopHead() : mems
• PopTail() : mems
• position_t : mems
• prepareAlignmentTree() : mems
• print2d_matrix() : mems
• print_sp : mems
• print_usage() : mems
• printBbSeq() : mems
• printMatch() : mems
• printProgress() : mems
• processNewMatch() : mems
• PROGRESS_GRANULARITY : mems
• progress_msgs : mems
• projectIntervalList() : mems
• propagateInvert() : mems
• PushHead() : mems
• PushTail() : mems

- q -

• QBrute() : mems
• QSort() : mems
• QsortPointers : mems

- r -

• RadixSort() : mems
• readBackboneColsFile() : mems
• readBackboneSeqFile() : mems
• ReadBuffer() : mems
• ReadList() : mems
• readSubstitutionMatrix() : mems
• ReadTimer() : mems
• record_t : mems
• RecSort() : mems
• RemapSubsetMatchAddresses() : mems
• removeFile() : mems
• RemoveItem() : mems
• removeLargeGapsPP() : mems
• RemoveLCBandCoalesce() : mems
• ReorganizeWorkingSet() : mems
• rerootTree() : mems
• RestructureReadSMLBins() : mems
• RestructureSMLBinsForWrite() : mems
• RIGHT_NEIGHBOR : mems

- s -

• sarID_t : mems
• scanFit() : mems
• scanLabels() : mems
• scanLeft() : mems
• scanRight() : mems
• score_t : mems
• search_cache_t : mems
• SearchLCBGaps() : mems
• seed_mask : mems
• seq_compare_start : mems
• seqbuf_t : mems
• SEQUENCE_TOO_SHORT : mems
• Shift64() : mems
• simpleFindBackbone() : mems
• simpleFindIslands() : mems
• SimpleGetLCBCoverage() : mems
• SingleCopyDistanceMatrix() : mems
• sml_t : mems
• SMLHeader_t : mems
• smlSeqI_t : mems
• sort_buf_t : mems
• SortBuffer() : mems
• SortHandleCompletions() : mems
• SortingEnsureAllOperationsComplete() : mems
• SortingPhase() : mems
• SortReading() : mems
• SortSorting() : mems
• SortUpdateIOState() : mems
• SortWriting() : mems
• splitGappedAlignment() : mems
• StartTimer() : mems
• StopTimer() : mems
• stripGapColumns() : mems
• stripGaps() : mems
• SUCCESS : mems
• swap() : std

- t -

• TOO_FEW_BINS : mems
• TOO_MANY_BINS : mems
• TrackingMatch : mems
• TransformDistanceIdentity() : mems
• Translate32() : mems
• translateToPairwiseGenomeHSS() : mems
• transposeMatches() : mems

- u -

• uint32 : mems
• uint64 : mems
• uint8 : mems
• ULA : mems
• unalignIslands() : mems
• undoLcbRemoval() : mems
• UpdateDeviceIOExecuteState() : mems
• UpdateIOState() : mems
• UpdateWSIOFinishedState() : mems

- v -

• validateLCB() : mems
• validateRangeIntersections() : mems
• VFmt() : mems

- w -

• working_set_t : mems
• writeBackboneColumns() : mems
• writeBackboneSeqCoordinates() : mems
• WriteBuffer() : mems
• WriteList() : mems
• WritePermutationCoordinates() : mems

---