Here is a list of all file members with links to the files they belong to:

- _ -

• _USE_SLOT_ALLOCATOR : AbstractMatch.h

- a -

• amino_acid_codes : ClustalInterface.cpp

- c -

• clustal_outfile : ClustalInterface.cpp
• CODING_SEED : SeedMasks.h
• CreateTempFileName() : Files.h
• CreateTwisterSeed() : twister.h, twister.c

- d -

• debugging_memory : Memory.h
• DEFAULT_MEMORY_MINIMUM : FileSML.h
• deleteRegisteredFiles() : Files.h
• DESCRIPTION_SIZE : SortedMerList.h
• DNA_ALPHA_BITS : SortedMerList.h
• dna_gap_extend : ClustalInterface.cpp
• dna_gap_open : ClustalInterface.cpp
• DNA_MER_SIZE : SortedMerList.h
• dna_pw_ge_penalty : ClustalInterface.cpp
• dna_pw_go_penalty : ClustalInterface.cpp
• dnaflag : ClustalInterface.cpp

- e -

• endgappenalties : ClustalInterface.cpp
• explicit_dnaflag : ClustalInterface.cpp

- g -

• gap_extend : ClustalInterface.cpp
• gap_open : ClustalInterface.cpp
• gap_pos1 : ClustalInterface.cpp
• gcg_outfile : ClustalInterface.cpp
• genrand_int31() : twister.c
• genrand_int32() : twister.c
• genrand_real1() : twister.c
• genrand_real2() : twister.c
• genrand_real3() : twister.c
• genrand_res53() : twister.c
• getDefaultSeedWeight() : SeedMasks.h
• getDescendants() : PhyloTree.h
• getLeaves() : PhyloTree.h
• getSeed() : SeedMasks.h
• getSeedLength() : SeedMasks.h
• getSeedWeight() : SeedMasks.h
• getSolidSeed() : SeedMasks.h

- i -

• init_by_array() : twister.c
• init_genrand() : twister.c
• interactive : ClustalInterface.cpp

- l -

• LOWER_MASK : twister.c

- m -

• M : twister.c
• MATRIX_A : twister.c
• max_aa : ClustalInterface.cpp
• max_aln_length : ClustalInterface.cpp
• MAX_DNA_SEED_WEIGHT : SeedMasks.h
• max_names : ClustalInterface.cpp
• MER_REPEAT_LIMIT : MatchFinder.cpp
• MIN_DNA_SEED_WEIGHT : SeedMasks.h
• MISALIGNMENT_WORKAROUND : ClustalInterface.cpp
• mt : twister.c
• mti : twister.c
• MUSCLE() : MuscleInterface.cpp

- n -

• N : twister.c
• names : ClustalInterface.cpp
• nbrf_outfile : ClustalInterface.cpp
• nexus_outfile : ClustalInterface.cpp
• NO_UNIQUE_COUNT : SortedMerList.h
• no_weights : ClustalInterface.cpp
• node_id_t : PhyloTree.h
• nseqs : ClustalInterface.cpp

- o -

• OPT_ALPHA_MASQ : SortedMerList.cpp
• OPT_HEADER_ALPHABET_BITS : SortedMerList.cpp
• output_clustal : ClustalInterface.cpp
• output_gcg : ClustalInterface.cpp
• output_gde : ClustalInterface.cpp
• output_nbrf : ClustalInterface.cpp
• output_nexus : ClustalInterface.cpp
• output_order : ClustalInterface.cpp
• output_phylip : ClustalInterface.cpp

- p -

• phylip_outfile : ClustalInterface.cpp
• printMemUsage() : Memory.h
• PROTEIN_ALPHA_BITS : SortedMerList.h
• PROTEIN_MER_SIZE : SortedMerList.h
• pw_ge_penalty : ClustalInterface.cpp
• pw_go_penalty : ClustalInterface.cpp

- r -

• RandTwisterDouble() : twister.h, twister.c
• RandTwisterUnsigned() : twister.h, twister.c
• RefineW() : MuscleInterface.cpp
• registerFileToDelete() : Files.h

- s -

• seedMasks() : SeedMasks.h
• seq_array : ClustalInterface.cpp
• seqlen_array : ClustalInterface.cpp
• seqname : ClustalInterface.cpp
• SetTwisterSeed() : twister.h, twister.c
• SOLID_SEED : SeedMasks.h

- t -

• titles : ClustalInterface.cpp
• tmat : ClustalInterface.cpp

- u -

• uint : PhyloTree.cpp
• UPPER_MASK : twister.c
• use_endgaps : ClustalInterface.cpp
• usemenu : ClustalInterface.cpp

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